冷却水系统由于上开启式系统，冷却水通过冷却塔是充分和空气接触，在被冷却的同时也将空气的大量尘埃等杂质被引入水系统中，沉积在冷却塔、空调机组和管道里形成淤泥，降低循环水量，影响热交换。
系统投入使用后，因安装是残留在系统内的焊渣、铁屑、泥土、油污等杂质也会聚积在系统里;焊渣、铁屑等坚硬物质则会附着在换热设备表面，影响换热。
冷却水因和空气接触，在冷却塔中和管道里会滋生藻类、细菌等微生物，其死后的尸体和淤泥、油污等杂物粘附在一起，附着在设备和管道上，影响循环水量及换热，同时，微生物和沉积的产生，促使浓差腐蚀电池的形成及垢下腐蚀的产生，从而使金属的腐蚀速度加剧。冷冻水系统也因经常采用自来水通过水箱换水补水，也会产生上述现象。
冷却水系统水温较高，且均采用自来水，其Ca2+、Me2+离子受热后形成碳酸盐水垢，附着在热设备和管道中，因水垢的导热系数为0.464~0.697W/M.K，碳钢的导热系数为46.4~52.2W/M.K，只有碳钢的1%，降低换热设备的传热效果，引起运行成本增加。
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